Окончательно система медицинского обеспечения войск дорабатывалась уже во время Великой Отечественной войны 1941 —1945 гг. с использованием последних достижений медицинской науки и в соответствии с условиями, сложившимися в ходе боевых действий. Следует особо отметить систему специализированной медицинской помощи и лечения, обеспеченную широкой сетью специализированных полевых и эвакуационных госпиталей; систему лечения легкораненых в специальных госпиталях (ГЛР), обеспечивавшую быстрое возвращение этих раненых в строй; широкие хирургические возможности ДМП, ставших подлинными центрами хирургической деятельности; освоение ПМП методов профилактики шока и борьбы с кровопотерей; стройную систему лечения больных в терапевтических полевых и эвакуационных специализированных госпиталях и др. В результате этого в период Великой Отечественной войны было возвращено в строй после излечения 72,3% из числа раненых и свыше 90% из числа больных. В действующей армии удалось предотвратить возникновение эпидемий; последнее представляло особые трудности в период изгнания фашистских орд с территории СССР, когда боевые действия протекали в местности, доведенной оккупантами до крайне бедственного состояния.
Успешная деятельность медицинской службы оказалась возможной благодаря высокой экономической мощи СССР и повседневной помощи со стороны Коммунистической партии и правительства, высокому уровню советской медицинской науки, хорошей квалификации и самоотверженному труду медицинских кадров, широкому участию в деле помощи раненым всего населения. Правительство высоко оценило эти усилия медицинских работников, присвоив 39 медикам звание Героя Советского Союза и наградив орденами более 115 000 врачей, фельдшеров, санинструкторов и медицинских сестер.
Большую работу в годы Великой Отечественной войны провели ученые и организаторы медицинского обеспечения войск: Е. И. Смирнов, Н. Н. Бурденко,Ю. Ю. Джанелидзе, Ф.Ф. Андреев, А. Я. Барабанов, А. И. Бурназян, М. М. Гурвич, Н. И. Завалишин, А. И. Клюсс, Н. П. Устинов, С. И. Бапайтис, А. А. Вишневский, Н. Н. Еланский, М. Н. Ахутин, П.А.Куприянов, В. С. Левит, М. А. Шамашкин, В. И. Попов, М. С. Вовси, Г. Е. Болдырев, Ю. В. Другов и мн. др.
В ближайший послевоенный период были подведены итоги деятельности медицинской службы в годы войны. Накопленный опыт получил освещение в «Энциклопедическом словаре военной медицины», а затем в 35-томном труде «Опыт советской медицины в Великой Отечественной войне 1941 — 1945 гг.» Огромную роль в изучений и обобщении опыта медслужбы сыграла организация Военно-медицинского музея, в котором создана богатая экспозиция по истории военной медицины и где сконцентрированы обширнейшие архивные фонды.
В настоящее время перед военной медициной возникли новые задачи. Империалистические страны сколачивают агрессивные блоки, направленные против содружества социалистических стран, продолжается гонка вооружений, появляется все более мощное и разрушительное оружие. Совершенствование ядерных средств нападения и одновременно так называемого обычного оружия, развитие в иностранных армиях вопреки международным договорам химического и бактериологического оружия, попытки освоения космоса в агрессивных целях — все это меняет установившиеся принципы военного искусства, организацию Вооруженных Сил, вызывает к жизни новые рода войск и, как следствие, приводит к возникновению новых отраслей военной медицины (медицинская радиология, бакзащита). Меняется содержание уже существующих ее разделов, развиваются ее теоретические основы, подвергаются пересмотру и организационные ее формы.
Война в современных условиях требует от врачей широких знаний. Неизбежное в современной войне возникновение комбинированных поражений (см. Санитарные потери войск) потребует от врачей применения таких способов и средств оказания медицинской помощи, которыми они не пользуются в условиях мирного времени.
Современная война, характеризующаяся коренным перевооружением армий, со значительным превосходством наступательных форм боя над оборонительными обусловливает резко маневренные боевые действия, небывалые до сих пор темпы передвижения войск, большую глубину ударов и быструю изменчивость обстановки. Следует ожидать массовости санитарных потерь, одномоментного их появления на различных участках местности и утяжеления поражений. Условия работы военно-медицинской службы значительно усложняются, вследствие чего возникнет необходимость вносить коррективы и в организационные формы медицинского обеспечения боевых действий войск с целью эффективного применения последних достижений медицинской науки.
В этой связи актуальны изыскания, направленные на создание эффективных средств профилактики и терапии радиационных, химических и бактериальных поражений, а также на разработку наиболее эффективных методов этапного лечения комбинированных поражений. Усовершенствована и структура полевой медицинской службы. Ее должная маневренность обеспечивается отдельными медицинскими отрядами (ОМО), способными оказывать жизненно необходимую квалифицированную медицинскую помощь раненым. Достижения медицинской науки и совершенствование транспортных средств создают реальную возможность проводить одномоментную хирургическую обработку основной массы раненых в специализированных фронтовых лечебных учреждениях.
Вероятность массовых санитарных потерь требует достаточно мощного резерва сил и средств (ОМО, подвижные госпитали, санитарно-транспортные подразделения и т. п.). Потребуется также новая специализация лечебных учреждений с учетом поражающих свойств новых видов оружия. В определенных условиях обстановки (например, в ходе успешно развивающейся наступательной операции) предусматривается лечение на месте путем выдвижения необходимых лечебных учреждений к районам, где войска понесли потери.
Эти и некоторые другие направления в работе имеют целью дальнейшее совершенствование форм медицинского обеспечения войск на случай, если империалисты спровоцируют новый вооруженный конфликт против нашей страны или стран социалистического содружества.